De gemeente en de Universiteit Utrecht hebben twee faunapassages aangelegd, tunnels waar de dieren zich veilig kunnen verplaatsen tussen Utrecht Science Park en de omliggende natuur.
De tunnels voor dieren tussen de Rijsoever en de Zandlaan vormen voor kleine zoogdieren veilige routes onder het asfalt. Naast de faunapassages worden er ook ecologische verbindingszones aangelegd. Hiermee worden natuurgebieden op en rond het Utrecht Science Park met elkaar verbonden door water en groen, waardoor de biodiversiteit wordt versterkt.
In 2024 zijn ook al faunapassages aangelegd tussen Landgoed Oostbroek in De Bilt en Utrecht Science Park. Uiteindelijk moeten de faunapassages en verbindingszones bijdragen aan de blijvende vestiging van twintig plant- en diersoorten in het Utrecht Science Park.